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进化出来的（直接从人猿进化出来，更往上追溯就是从猩猩和狐猿进化出来）。现在的那吠多人和澳洲土人，从生理上看起来和猿类相去很近，和文明人相去反倒远些。
（人类学和动物学）人类学从广义看起来，是动物学的一个特别的分科，因为他非常的重要，所以我们要给他个特别的地位。所以关于人类和其精神作用的一切科学，从我们一元论的见地看起来，定要当他是动物学的特别分科，当他是自然科学，那所谓“精神科学”尤其是要这样看了。人类心理学和比较动物心理学是有不可解的关联，就连和植物、原生动物的心理都有关联的。言语学研究出来，人类的言语是个复杂的自然现象，这种现象也和兽鸣鸟啭一样，都是靠思想中枢的脑细胞，舌头的筋肉，喉头的声带等几个器官的联合动作的。人类的历史（就是我们由那奇怪的人类中心思想叫作世界史的）和他最高的分科文明史，由近世史前学把他直接和猿类以及别种哺乳动物的历史联合，间接和下等脊椎动物的发生史联合。所以我们要是不偏不颇的研究这个问题，就晓得绝没有一种关于人类的科学是超乎自然科学（广义的）范围之外，犹之乎“自然”自己不是“超自然的”。
（自然）据我们的理论说起来，自然这个观念，包含科学上可知世界的全体，恰似一元论、自然主义之包括科学全体一般。照斯宾挪莎的严密的一元意义，“神”和“自然”是一件东西。自然界以外是否有个超自然界、精神界，我们不晓得。宗教的神话、传说，以及形而上学的思索和独断说里所说的那些，全是些诗歌的、想象的话。文明人的想象力，时时要想在艺术和科学里做个统一的影像，若是在观念的联合里遇着了罅隙，就要自己创造个东西来弥补他。这种弥补智识罅隙的思想中枢创造物，要是合乎实验的事实的，就叫作“假说”，要是不合的，就叫作“神话”，像那宗教的神话、灵异等类，都是这不合实验事实的。就连世人把心和自然对立，大抵都是由于同样的迷信（像那些精灵学、心灵学等）。然而我们说人心是高等精神机能的时候，我们的意思就是说他是个头脑的特别生理机能，或是所谓思想中枢、思想器官，那块脑皮层的生理机能。这个高等精神机能是个自然现象，也和其余一切的现象一样，都是服从实质法则的。古腊丁文的“自然”natura这个字（从nasci孳乳出来的，nasci的意义就是“生”），也和希腊文的physis（从phyo孳乳出来的，phyo的意义就是“长”）是一样，表示这世界的本质是个永久的“实在和变化”————这真是好一个深美的思想。所以“生长科学”的物理学（physics），从这字的极广义说来，就是“自然科学”。
（物理学、形而上学）19世纪人类智识非常的增长，并且兴起许多新学问，因此科学里的分业很繁，各科学的相互关系和对于全体的关系就变动得不少，连科学名词的含义也都改变了些。所以像物理学这个名词，在现今许多大学校里，都当他是个无机科学，专研究实质的微分子关系和质量，以太的机械作用的，至于各种元素由原子量的不同而生的性质上差异，是绝不管的。关于原子、和亲力、化合物的研究，是属于化学的事。因为这种研究的封域非常广泛，并且有他的特别研究法，所以这种研究和物理学并列，两个都是一样的重要。其实化学不过是物理学的一部分，就是原子的物理学。因此说到“物理化学”的研究，“物理化学”的问题，我们简直可以叫他做物理学的研究、物理学的问题（物理学三字从广义）。生理学也是物理学的一个特别重要的分科。就是生物的物理学，或生体之“物理化学”的研究。
（形而上学）亚理斯多德著书，第一部论自然之永久的现象，称作形而下学（物理学），第二部论其内里的性质，名为形而上学，直到如今，这两个名词的意义经了许多重大的变迁。我们要把物理学这个名词，立个界说，限为现象之实验的研究（用观察法和实验法），那就可以把那些弥补罅隙的假说和学说，都叫作形而上学的了。照这样的意味说起来，物理学上那许多不可少的假说，像分子、原子、电子那些话，都可以说是形而上学的，就连我们说一切实质都有感觉有延长的那些话也是如此的。这种绝对承认一切现象全属实质法则，及只研究自然不管超自然的一元形而上学，连他的那许多学说和假说，都是合理的生命哲学所不可少的。要像阿斯特瓦德那样，主张科学里不容有假说，那就是夺去科学的基础了。然而那主张有两个世界，以种种花样号称二元哲学的，现行的二元形而上学，就全然又当别论了。
（形而上学之发达）我们若是把形而上学这个名词，解作“由人心对于事物原因之合理的要求而生的，研究事物究竟之科学”，那就可以由生物学的见地，认他为思想中枢的个发达最晚的高等机能。这门学问只有从文明人的完全发达的头脑里可以产出来。野蛮人的思想器官比伶俐动物的高不了许多，绝没有这种学问。近世人种学把野蛮人的心理法则研究的很精密。据说野蛮人没有高等理性，并且他们的思索力和构成概念力都很低微。例如住在锡兰岛森林里的吠多人，虽然识得一株株的树，会把他取些名目，却没有“树”的这个概念。许多野蛮人种都不知道五个以上的数，他们绝不晓得想想自己存在的原因，也不晓得什么过去未来。所以萧本豪埃尔（Schopenhauer）和别的哲学家，把人类下个定义,叫作“形而上学的动物”，想以形而上学的有无，做个人禽的分别，这是大错了。这个欲求是随着文明的进步，兴起发达来的。就连文明社会里的人，幼稚的时候也不会有这个欲求，都还要渐渐的发生呢。小孩子是要学着说话，学着思想的。和发生学法则一致，小孩子的心理发达状态，就是把由野蛮到未开化，由未开化到半文明，由半文明到有学识人的全体阶级重演一遭。若是这人间高等能力之历史的发达，能常得适当的理解，心理学忠于比较的发生的方法，现在那形而上学的许多误谬就可以免去了。到这时候康德一定不会倡他那先天的知识论，他也会晓得文明人的那些像似先天的智识，都是在文化科学的进化里由后天的经验得来的了。二元论和形而上学的超越论之种种误谬，其根源都在这里。
（实在论）生物学也和一切科学一样，是个现实的，所谓现实的就是说他看他的对象————有机体是实有的，其状态要点，由我们的感觉（感觉中枢）和思想器官（思想中枢）可以知得到某限度。并且我们也晓得，这等认识器官和其所赍来的智识，都很不完全，有机体也作兴含有别种情状，超乎我们知觉范围之外。然而绝不能因此就照唯心派那样，说万物（连有机体）便是吾心，都是脑皮层上的影像。我们的纯粹一元论（就是万物有生论），承认各有机体之一致，至于那隐微的本体，无论是卜拉图所谓“永久的观念”也好，是康德所谓“物如”也好，总不承认他和可知的现象有什么大区别，一元论就是这点和现实论一致。现实论不但和唯物论不是一事，并且可以和那正相反的物力论、精力论，明确结合。
（二元论）现实论大抵总同一元论相合，唯心论就常同二元论一致。二元论的两位最有力量的代表卜拉图和康德说道： “有两个全然不同的世界。我们的经验只及的着自然界、经验界，至于那精神界、超越界，就不行了。我们只有靠感情或是靠实际理性，可以晓得这精神界、超越界的存在，然而绝不晓得他的性质。”这个理论的唯心论的大错，就是把灵魂认为个特殊的非物质的存在，说他不灭，说他具有先天的智识。脑生理学、脑发生学和思想中枢的比较解剖学、组织学，证明人的灵魂也和别种脊椎动物的一样，都是个头脑的机能，和那器官有个分不开的关系。所以这唯心的知识论，和汪德（Wundt）的《心物平行论》、近代生理学家的“精神一元论”是一样的不合现实生物学，什么精神一元论，终归是个完完全全的心身二元论罢了。实际的唯心论可不是这样的。实际的唯心论揭橥有人格的神，不死的灵魂，自由的意志三大征象，三大理想，为伦理学上的刺激，利用其教育学上的价值来教育青年的时候，一时也可以得着良好的效果，这效果却不关他那理论上的不通。
（“生”的知识之分科）19世纪里各自独立发达的生物学各分科，要想达那远大目的，构成个包括有机生命界全分野的统一科学，就应当互相联络，各人明白自己的事业，努力同心的做去。不幸各干各的专门就把这个共同的目的丢开了，大家只顾去实验就没人问哲学的事业了。因此弄得很混乱，所以先要把生物学各分科相互的地位划分清楚。
（生物学之主要的领土）因为从来把植物、动物分作为两种东西，所以生物学的大分科，植物学和动物学，就并驱争先，许多大学校里都分做两个讲座去教授。和这些科学全不相干，在初有学问的时候，就兴起了研究人生各种方面的科学，这就是人类学的各科，就是所谓“精神科学”（像那史学、言语学、心理学等）。自从“成来说”证明了人类是从脊椎动物进化出来，人类学就变做动物学的一部分，我们才晓得人类学各科中间的内部历史关系，要把他们联合成个包举的人类科学。因为这科学的范围很广，价值很重，近年来添了几多人类学的特别讲座。最好是原生动物，或称单细胞有机体的科学也这样办。细胞说，有植物学动物学两科来研究他，算做解剖学的个重要部分，然而动植两界的最下级单细胞体的代表，原始植物（protophyta）和原始动物（protozoa），是有极密切的关联，并且以个独立的原始有机体，对于多细胞有机体的组织之解释,大放光明，所以夏敦（Schaudinn）近来提议，创立个原生物学的学会，刊行一种杂志，我们不能不认为斯学进步的个证据。这科学的最重要的一部分就是细菌学。
（形态学和生理学）应乎有机界的限度，把生物学的分类，可以划为四个大研究范围： 一、单细胞生物学，二、植物学，三、动物学，四、人类学。这四大类里，每一类都分形态学生理学两种研究。两种的研究观察方法迥不相同。在形态学里，关于外面形状内部构造，比较和记载最为重要。在生理学里，要观察生活机能研求其物理的法则，物理学和化学的严正方法是尤为要紧。因为医学离不了人体解剖学和生理学的正确知识，并且这种事要有很大的机械仪器，所以这两科久已是分开研究，并且在学校的分科上让给医科去了。
（解剖学和发生学）形态学的广大封域，可以分作解剖学和生物发生学两部，一个研究已经完全发达的有机体，一个研究正在发达的有机体。研究已成形有机体的解剖学，既管外面的形状，又管内部的构造。我们可以把他分为两科，一个是研究构造组织的“构造形态学”（tectology），一个是研究根本形状的“原形态学”（promorphology）。构造形态学考究有机个体里构造上的要点，研求细胞、组织、器官等各部分怎样的构成物体。原形态学说各部分和全体的实在形状，用数学法极力把他们归诸根本的形状（第六章）。发生学，就是有机体进化的科学，也分作两部，一部是个体发生学，一部是种类发生学，这两部各依各的方法，各有各的目的，但是都由发生学的法则紧相联结的。个体发生学研究各个有机体自生至死的发达，说个体在胎膜里的发育状态的就为胎生学，研究出产后生命变化的就为变态学（第十四章）。种类发生学的事业，在乎探究有机种类的进化，就是研究所谓“类”“属”等动植物界的主要项目，换言之，就是研究种类的系统。这个科学参验古生物学上的事实，用比较解剖学和个体发生学弥补这上面的罅隙。
（“埃尔歌罗辑”和“陂利罗辑”）我们叫作“生理学”的那种生活现象的科学，大抵都是动作的生理学（一译作业生理学），就是“埃尔歌罗辑”（ergology），这科学问审察生物的各种机能，极其力所能至，要把这些都归之于物理学和化学的法则。植物生理学研究滋养生殖等植物的机能，动物生理学研究运动感觉等动物的作用。心理学和后者有直接的关联。然而研究有机体和其四围有机物无机物的关系，也是广义的生理学的事，这科学问我们叫他做关系生理学，就是“陂利逻辑”（perilogy），属于这一门的，有分布学（chorology）（因为这门学问研究地理上、风土上的分布，所以又叫作生物地理学）和生态学（ology）、生状学（bionomy）（近来又叫作生性学ethology），就是研究有机生命的内里方面，有机体的生活必要，和其与同居的其他有机体的关系的科学［像生物群落（biocenosis）、共生（symbiosis）、寄生（parasitism）等］。