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二者仍俱时而起，亦相依而存在于阿赖耶识中。
依常识及二元论哲学之理论，心之识物，乃初不相关之二事物，发生一种认识关系。在此认识关系未有之先，心先自存，物亦先自存。然依唯识宗之理论，则此正是一妄执。此妄执，乃由人之周遍计度一切心法之共相，色法之共相，而将本为不离之心色，分裂为二以造成，而与事实上心色之俱时而起，不相合者。
譬如以吾人见色闻声而言，依唯识宗义，此并非吾人一方先有一见起，外在世界先有一色起，而后合此二者为“见色”。乃是吾人一面有如何之一见，一面即有如何之一色，此二者成一整个之经验，以俱时而起。其起后，吾人再加分别，乃谓此中有能知之心识，与所知之色境二者。实则心识与色境，如如相应，无外于色境之心识，亦无外于心识之色境。如吾人见一霞彩，此霞彩，即对此时此地之心识而呈现，在他时他地实无同一之霞彩。此方为具体实在之霞彩。其余一切境识之关系，皆仿此。
然吾人于此可有一问题，即吾人之见此霞彩，或见如此如此之灿烂之色，岂无天上之云与光波本身等，为外在之因？若人之心识不起，此云与光色，岂即不存在？则在唯识宗之答复，是：当吾人眼识与意识不起时，此霞彩自应为对此眼识意识为不存在，然不存在于前六识者，可仍存在于阿赖耶识。此存在者乃一功能或种子。此功能种子，对阿赖耶识存在，而非对前六识存在。
唯识宗之以在意识外之存在，乃存在于阿赖耶识中，此颇似巴克来之以观念之不存于吾人之主观心者，乃存于上帝心。然此中有一不同，即巴氏之上帝心为一，而唯识宗之阿赖耶识，则每一众生各有其一。
何以知方才所见之光与云本身等，不存于意识，仍存于阿赖耶识？如何知有阿赖耶识？此简言之，即凡未现实于前六识者，对前六识，皆可称为潜能。然此潜能之世界，不能只有境，而无心识。吾人所谓：在吾人所见之境色之外有境色，即同于有“可能成吾人所见之境色者”之谓。然当此境色呈现时，对境色之见，亦同时呈现。则在未见此境色时，此所谓潜能之世界，即不能只有境色，亦当有此“未呈现之见”。吾人说：如非在吾人所见之境色外，有可被见之境色潜存，则吾人更不能有其他境色之可见。则吾人何以不可说：如非在吾人当前之见外，尚有能呈现之“见”之潜存，吾人不能有对境色其他之见？而此所谓潜存之“境色”与“见”，亦应为如如相应而潜存者；而在其尚未呈现于前六识时，乃同对前六识为潜能种子者。而此一切潜能种子之全部之世界，亦即阿赖耶识之世界。而所谓此世界之自存，亦即阿赖耶识之自存。又对所谓同一之境色，人及各众生，乃各有其见，而各见其所见，则亦各有其能见所见之种子，所合成之世界。由此而人与众生为多，则其阿赖耶识亦必然为多，而不能为一。谓其为一，乃只是自其所具之种子之有相同或类似（即众同分之所据）而说。
然则一人或一众生，其阿赖耶识中，所包含之种子有几多？依唯识家言，便当说世间有多少可能呈现于吾人之事物，吾人之种子即有多少。然世间能直接间接呈现于吾人之事物，实无穷无尽，而吾人又不能在原则上说：任何事物在任何条件之下，皆不能直接间接呈现于吾人。因若其如此，则吾人即无理由，以说其存在。由此而一切存在事物之种子，与其呈现于吾人时之吾人之心识之种子，皆全幅备具于吾人当下之阿赖耶识之中。由此而阿赖耶识之范围，亦即与全宇宙，全法界 [93] ，同其广大。
第五节 众生各有阿赖耶识义及阿赖耶识与种子之关系
依于上文所谓，一人或一众生之阿赖耶识之范围，与全宇宙及全法界，同其广大，而吾人或各众生，又各有其阿赖耶识；于是诸人或诸众生之阿赖耶识相互之关系，可喻如一彼此交光相网之关系，如众灯之明于一室，而每灯皆能照全室。至众生之不同，则由其所具之功能种子之强度，或成熟之程度之不同，而其现实化或显为现行者，亦因而不同。此略似一室众灯，每一灯之灯光强度之不同，而所明照之空间，亦因之而不同。
何以阿赖耶识之种子，有不同之强度？此当追问至种子之何以有弱有强？吾人可据经验，以谓种子之多现行一次，即增强一次。如人之能吸烟，乃由于人原有能吸烟之种子。然人多吸烟一次，则吸烟之习惯，愈难改变，而见烟时欲吸烟之种子，亦愈易现行。由此而唯识宗有种子与现行相依，而互为因果之关系之说。此关系，称为“种生现，现熏种”之关系。即现行依种子而生，而现行起后，同时使种子之作用加强。此加强之作用，即名熏习。
依唯识家之说，人之经验中，所遇一切之境，与人之心识本身及其心理活动，皆有种子。种子由熏习而增长，亦存于阿赖耶识中，永无散失，而遇缘即呈现者。此种子中，包涵各种不善法之烦恼种子，亦包涵一切有漏善法，及无漏善法之种子 [94] （即人之成圣成佛之种子）。此一切种子之现实，固待于外缘。然外缘不具，其自身仍自类相续。人之一生之经验，固为阿赖耶识中之一定种子之现行或现实化，并可转而熏习此种子者。然除此外，人尚有无限之种子，非人之一生所能全实现者。如吾人每一人皆自觉其有各种能力，非今生之所能皆加以实现者。由此而人即宜有无尽未来之生命，以实现其无尽之种子。而一切今生之经验所熏习而增强之种子，亦将在无尽之未来之生命，于外缘具足时，重新现行。人欲发展其任何本有之能力，或实现其当有之愿望，成就其成圣成佛之理想，则凡今生之所不能办者，皆可于无尽之未来生命中办之。而此即唯识家所用以解释业识流转，及历劫修行之理论根据。而在成佛之理想中，可包涵一切清净善德皆具足，及法力无边之理想。如此理想为当有，亦即为可能。而众生或人之成佛，其德其力，即皆可不逊于世间所谓神或上帝。而人之成佛，亦即无异于人成人而神（Man-god）者。人既有成佛之种子，此种子之内在于人，亦即无异于一般所谓成人而神之种子，皆内在于人。于是超越外在之神或上帝之观念。依唯识家之论，自为同不能成立者。
唯识家之理论，最后归于以阿赖耶识为一切人生宇宙中，一切事物所由生起之种子功能之所在，亦即其根原之所在。然则人之阿赖耶识与种子，毕竟是一是二，是同是异？则在正宗唯识家之答复，为不一不异。然如何解释此不一不异，则有极复杂之理论问题。依吾人之意，阿赖耶识可有下二解。即吾人可说所谓阿赖耶识，即全部种子之总名。此中，境之种子与识之种子，恒不相离。而一一种子，因其不断生起现行，亦不断受现行所熏，故非恒常法。阿赖耶识即此一一种子之总名，而非一单一体。故阿赖耶识与种子为不异。然自另一方面说，则吾人又可说此一切种子，乃相连为一系统。此整个之系统，亦似应为一识之所识，此识即为阿赖耶识。则阿赖耶识乃持此种子，而以种子为其所识。于是阿赖耶识与种子为不一。然此二解释，如后者为真，则阿赖耶识为“能识”，种子为其“所识”，而能识之阿赖耶识本身，即应另无种子。因如能识之阿赖耶识本身之种子，亦为阿赖耶识之所缘，则应尚另有一能识“此能识之种子”，在此种子之上。而吾人如谓能识之阿赖耶识本身无种子，则与一切识皆有种子之义相违。故吾人如就种子为阿赖耶识所识之义，以论种子与阿赖耶识为不一之义，不易讲通。而另一种谓此阿赖耶识与种子为不一之道，即只有自一切种子之不断生起现行，而又受现行所熏处，说此一切种子，乃能与种子之前七识之现行，发生关系者；阿赖耶识之立名，亦即自其能与前七识之现行发生关系处，而立名。此与一切种子之立名，乃只就其一一自身之各为一潜伏功能而立名者不同。若如此说，则世间实另无在一切种子之外之阿赖耶识。种子与阿赖耶识之立名之不同，唯是或就其自身说，或就其与现行之关系说之不同。若然，则“不异”乃言其实际，“不一”乃言其立名之故。如此可较合于唯识家之系统，否则须连第七识之种子，在第八识之特殊地位以说。此俟下文再详。
第六节 妄执之起源与执我识
由上所述，唯识家乃不假定任何恒常之实我实法之存在，亦不须假定一离心之外境之存在，而只设定有无数种子之待外缘而生现行，及为现行所熏而增强，以说明一切宇宙人生之现象者。然此中仍有一问题，即一切心境诸法，既皆因缘生，而为无常法，境亦不离识；则吾人之执无常为有常，而以为在心识之外另有境，及在种子之外，另有实我实法等，种种妄执，又由何而来？如吾人承认确有外境，及实我实法，则此执非妄。而不承认此等等，则此妄执，又毕竟自何而起？
依唯识宗之答复，此妄执本身，亦是依识而起。此妄执本身，亦只是一种识之性质，即吾人前所谓遍计所执性。此妄执，乃由吾人之识之自身，有能执识与境之性质，或识与境之有可被执之性质而起。此能执识与其境之识为何识？此根本上即第七识，即末那识。此是八识中能执着识，以构成实我实法之一识，又称为执我识；此执我识，即一执阿赖耶识为我之识。
关于实我之观念如何而起，乃一东西哲学中之大问题。如我们试反省我们自己之心身，我们明只见有种种印象、观念、心理活动、生理活动，而不见有我为被觉之对象。说我即是此自觉固可 [95] ，因此自觉，确是一能统摄此一切之印象观念者。但此自觉，尚不能穷竭我们日常生活中所谓我之所指之涵义。我们日常生活所谓我，甚少是指此明朗之自觉者。如我们于他人打我身体者，说是打我，于他人夺我衣物者，说是害我，于他人谓我家世卑微，谓我无能，前途无望时，说是轻视我，侮辱我。此处之“我”之所指，皆非此明朗之自觉之本身，亦非指我对事物之一现有的印象观念。此处之“我”之所指，即指“一切我所使用之身体什物，我过去之经验，我之身世，我之能力与前途”。然所谓我过去之经验是什么，此只是曾有之现行，而今则只以潜能种子之资格，存于阿赖耶识者。所谓我之能力，我之前途，亦即我可能表现，可能遭遇之环境之尚未现实者。而其在今日，亦即我阿赖耶识中之种子。我之身体，我之什物，即我可用之以达某一种目标，成就某一活动之工具或条件。此工具或条件之所以为工具或条件，则由其具有种种潜能或功能，可化为种种之现实。如我之此棍，即具能打、能摇、能捶之无限功能者。舍此诸功能，即无棍，则此棍实非棍，而可说只是一大团尚未实现之功能种子之和。然其一一实现，实即一一实现为吾人之识之境。其他衣服什物等，以至吾人之身体之物质，亦同可作如此观。由此而见吾人之执此一切为我，并非只执其现实之现行为我的，而重要者乃在执“种种之曾现行或可能现行之种子”为我。此种种之种子，皆在我之阿赖耶识中，而此亦即同于执我之阿赖耶识为我。故吾人之我之意识之扩大，可以一切我所可能用，可能知，可能得，可能爱者之所在，皆视为我的，而我的之所在，亦我之所在。故我们可说房屋为我的房屋，乡土为我的乡土，国家为我的国家，世界为我的世界。而人之伤任何种之“我的”，皆若伤我者。此即由于阿赖耶识之涵摄一切种子，而吾人于阿赖耶识之一切可能现行或曾现之种子，皆能执之为我之故。此执著，乃执阿赖耶识之能识，附及其所识之一切境法者。故唯识家说第七识以阿赖耶识之见分，（即能识的方面）为其所缘。
第七节 根本无明与转识成智
但第七识之执阿赖耶识为我，乃以此我为一常我，以为吾人过去未来之经验，乃皆为一常我，而同属于一常我。实则此过去未来之经验，虽相似相续，然并非合为一常我，而属于一常我者。此过去未来之经验在未现行时，只是种子。然吾人对此无数种子之分别，却又可为吾人所未如实知者。则吾人即可以过去未来之种子，为一无分别，或同一恒常之整体。此即第七识之执阿赖耶识为我，同时以此我为同一恒常之我之故。（此段之义乃本书著者个人之解释，似为昔人所未言者。）
依同理，吾人不仅有我为常我之执，亦可于本为一串种子之物，在其种子未现实时，而视此物为常。而此亦为一种我执。如上述之前者为人我执，则此可称为法我执。法我执之义，不仅概括视物为恒常之妄执，亦包括视任何法为恒常之妄执。吾人之视任何法为恒常，皆由不知任何法之显现，皆显现为相续相似之现行，而当其未显时，其自身即为一串相续相似之功能或种子。盖唯以此种子功能之未显，吾人不知其分别，遂混同之，而视为一恒常之法。依上所述，吾人即知七识之妄执第八识为我，乃一根本之错误。此妄执与错误之根原，即由其不知八识中之种子功能之差别，而遂误以多者为一，变化者为恒常。此“不知”，即第七识之执八识为我所依之一根本无明 [96] 。
复次，第七识执第八识为我时，依于第八识中之种子之强度，及其与我之现在经验（即种种现行）之关系之不同，吾人并不能无分别的，平等执八识中之一切种子为我。若吾人果能如此，则因八识之种子包涵全宇宙全法界之一切法之种子，吾人应以全宇宙全法界之一切法皆平等是我。然人及一般众生，则以方才所述之原因，恒在全宇宙全法界中，分别我与非我。如我吃烟时，则吃烟与烟皆属于我。如我戒烟，则烟为非我，昨日吃烟之我，亦如成非我。一般人又大皆以其自己之身体为我，他人之身体为非我，自己之家为我，他人之家为非我，自己之国家为我，他人之国家为非我，人类为我，人以外一切众生为非我，我之思想情感为我，他人之思想情感为非我；于我者则贪着迷恋，于非我者则瞋恨傲慢。此所依我爱、我贪、我见、我慢，亦即人之根本烦恼、根本染业。一切其他烦恼染业，则依此根本烦恼染业而起，以现行于人之意识，及其他种种心理活动之中。由此而吾人可说第七识之无明，即一切迷妄烦恼染业之本。
吾人上说第七识之执阿赖耶识，乃由并不如实知之，而有之一根本无明，由此而有诸相应于第七识之根本烦恼等。然此涵根本无明之第七识，亦似应有其种子在阿赖耶识之中，否则第七识之现行，如何可能？然此第七识，为执阿赖耶识之识，则谓其种子亦在阿赖耶识中，亦即同于阿赖耶识中之种子，可分二类，一为七识与缘之而起之烦恼种子，一为此外之其他种子。而第七识之种子之一性质，即“能执此外之种子，而又对之有一无明”之种子。唯在第七识种子现行时，其他依七识而起之种子乃现行。此第七识之种子，既能执其余一切种子，以对之有一无明，并误视之为恒常法，则此第七识之无明种子，即为一兼能“覆盖其他一切种子之一原则”，而为其他种子之一种“消极的统摄原则”。于是此第七识之种子，在阿赖耶识中，即占一特殊之中心地位，而如为一依无明而不知一切种子之分别，以混融一切种子，使之显为无分别之一恒常之我者。由此而吾人亦可说，其余种子，皆为此第七识之种子所执之种子。而此七识之种子，与其他种子，既皆在阿赖耶识中，则吾人可说阿赖耶识，乃原自分为二部，而以其一部，执其他部，并以之为所缘者。而此阿赖耶识之一部之自执其他部，以为其所缘之事，实即第七识之种子之“恒具一执持其他种子之性，而恒能在全幅种子中，以其无明，覆盖其他之种子”而已。如此，吾人可对阿赖耶识以种子为所缘之义，另作一解释，而亦与唯识宗之精神不悖。
此第七识既有一根本无明，能妄执无常之种子为常，执阿赖耶识为我，而起种种我与非我之分别，以产生种种根本烦恼染业。人又有意识及五识，于是此根本之烦恼染业，即亦贯至意识中，使意识中亦起种种之我与非我之分别，与种种随从的烦恼染业。此烦恼染业等之现行，一方一直向上熏蒸，以染污至五识，与其所见之世界之性境，而使五识之现行亦不净，而生种种障碍。一方又熏习阿赖耶识中，同类之种子，使之增强。由此，人之造业受报，即永无已时。而人欲超拔此一切业报，则待于人之去除此一切烦恼种子，以归于破除此根本无明。及此根本无明破除，则八识中第七识之种子，及缘七识而生之一切烦恼种子，其存于第八识者皆被断绝。而阿赖耶识中之其余种子，以无第七识之无明为之覆障，即全幅彰显，全法界之种子，亦平等彰显，更无我与非我之虚妄分别。于是全法界一切种子之现行，皆同于我之现行，而无往非我，而更无一般所谓恒常之我可得。此之谓“以法为我，以法为身”之法身无我之我。而吾人之阿赖耶识，此时即无无明，无一切染污，而舍染得净。人对一一种子，皆无所执著分别，亦即一一皆如其所如，而互不为碍，相望如透明。此时之第八识，即转成纯净圆照之“大圆镜智”。第七识之执我者，今则化为视一切我与非我平等者，即转为“平等性智”。而第六识，则因一切随烦恼种子，及第七识之根本无明与根本烦恼之种子，既皆化除，缘七识之我与非我之分别，而生之意识上我与非我之分别心亦不起；于是此意识即成善妙观察一切法之自相共相而无执之“妙观察智”。前五识，因无一切第八识、第七识、第六识之烦恼种子而来之染污障碍，亦即成为善能成办其愿力所应做之事，如眼识成办见色，耳识成办听声之“成所作智”。此转识成智在由种种实际之舍染取净之修行工夫，以去除第七识之根本无明，而如实了知：阿赖耶识中本来涵藏之全法界之种子。而此无明既破，法界被如实了知，则此时之一切法界诸法之种子，亦即非潜能功能，而皆为现行，皆为现成、现在、现见之现量所摄之境。一无扰乱，而如其所如之寂灭寂净之涅槃境，真如境 [97] 。而自此境中之一切法皆全幅呈现而无过去未来之别言，此境正同于西方中古哲学中所谓神智神意之境界。是待于贤者之会通而默识之。然唯识家言，此境乃一切众生之所能达，非如宗教家之言其为上帝所独具。其达之之道，则正在去除一切以神我上帝为超越外在之妄执，而一方以缘生之理，观世界，一方切身就己，作种种舍染取净之工夫；此工夫亦即使吾人本来具有之净智种子现行之缘。是即大异于西方中古之哲学神学者也。
佛学中之唯识宗之哲学 参考书目
《成唯识论》。
慈航法师《成唯识论讲话》（《慈航法师全集第四编》）台湾弥勒内院出版。案窥基之《成唯识论述记》太繁，《学记》较简。但兼录窥基与圆测之说，不易辨其是非。慈航法师此著以白话释《成唯识论》，可供初学者之需。
景昌极《哲学论文集》，中华书局。本书中有评进化论一篇，为欧阳竟无先生所讲，乃依唯识宗义以评西方之进化论者。
窥基《二十唯识论述记》。
此书着重证成境不离识义，内容不繁。
欧阳竟无《唯识抉择谈》《唯识述义》一二卷（支那内学院出版）。
熊十力《佛家名相通释》。
梁漱溟《唯识述义》及《东西文化及其哲学》（北京大学出版部出版）。
印顺《唯识探源》（正闻学社出版）。
李世杰《中国佛教哲学概论》（台湾佛教月刊社出版）。