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在君在大连休息的时期，大概就是他整理《徐霞客游记》，完成“徐霞客年谱”，并制成“游记地图”的时期。这部最新的《徐霞客游记》，附年谱，附地图，是民国十七年（1928）商务印书馆出版的。宋应星的《天工开物》是前一年已由陶湘先生印行了。
《徐霞客游记》出版的时候，在君本人又在西南作矿产地质的调查了。翁咏霓、黄汲清两先生都曾略记在君广西之行，汲清记的稍详细，他说：
在君先生于民国十七年赴广西考查，所到各处均曾作地质研究。而于广西中部及北部，如南丹、河池、马平、迁江诸县，调查尤为详细。利用军用地形图，填绘地质，同时采集标本化石甚多。其工作性质，除查考南丹、河池锡矿及迁江一带煤田外，特注重地层系统及地质构造。而于马平石灰岩研究尤详。马平石灰岩之驰名，全赖先生之力。（《独立》第一八八期）
五年之后，在君和葛利普先生在第十六届国际地质学会提出论文，题为“中国之二叠纪及其在二叠纪地层分类上的意义”（ThePermianofChinaanditsBearingonPermianClassification）。在君在此文中“讨论中国各部二叠纪地层之彼此关系，及其分类。结论谓中国南部二叠纪可分三系：下部二叠纪为马平系，中部为阳新系及乐平系，上部为夜郎系。”（此是用黄汲清先生的提要。）汲清所谓“马平石灰岩之驰名”即是指这种论文。
十七年十月五日，在君从广西写长信给我，信中有一段说：
广西的情形，一言难尽。……他们第一有建设的决心和诚意，第二有建设的能力。所可惜的缺乏真正技术人才给他们帮忙。我到南宁的时候，本无意工作。因为他们的诚意所感动，才“再为冯妇”。现在我仍旧敬信他们，但是广西天产太不丰富了，大发展至难。这不是广西政府的过失。
又有一段说：
……我九月以来，又做了很多的工作，东到富川、贺县，西北到贵州边界的南丹。本来我还想勾留几时，解决一个煤矿的价值。因为两个月前被广西建设厅的一位职员骑的马踢伤左腿，到了桂林似乎完全好了，而近来跑路太多，忽然又肿了起来，行动不方便，故决意不日东归。大约我三四日后由柳州动身，〔十月〕十一二可到梧州————坐民船沿途稍可研究————十五、十六可到香港。再去广州三两天，就预备回到上海。
这信说的很明白，他到广西，本没有做地质调查工作的计划，只因为被广西的几个领袖的诚意感动，才决定旅行全省，做矿产地质的调查工作。他后来因为左腿受伤，行动不方便，才决定回来。他临行时，采集的标本化石几十箱，到梧州上汽船时，梧州的关吏不肯放行。幸亏凌鸿勋先生那时在梧州，正赶到船上送他行，那时离开船只有半小时了，凌先生“为驰赴梧关解释放行。嗣与先生晤及，辄道其当日遑遽之情状！”（《独立》一八八号，页三八）
凌先生又说：
在君先生之赴西南也，铁道部曾托以踏勘川黔出海之路。先生主张由重庆经黔桂以出广州湾，曾著有《川广铁道路线初勘报告》（民国二十年十一月《地质专报》乙种第四号），言其山川里程与国防经济之旨甚详。自后余远处关中，从事于陇海铁路之西展，偶与先生晤及，辄纵谈铁路建设之事，以筑路成本甚重，而国家经济枯竭，必须以最小之资本，先筑经济能力最大之路。先生固地质专家，而因足迹所经，于山川形势，民生情状，了如指掌，自无怪其于铁路经营深感兴趣也。（同上）
在君给我的信里，还谈起他北归后的工作问题，他说：
我这个人完全是一个impulsive的人。兴致勃起则可以一切不顾。兴致过去，又觉得索然无味。学问事业都不容易大有成就，皆是这个原故。所以我的前途，我现在也说不定，且看北归以后兴致何在。如可以安安稳稳住在北京，而且地质调查所这个机关依然存在，可以利用，我或者可以专心研究几年。否则没有法子的了。你要知道，我的研究，非有相当的设备，和相当的技术人员帮忙，是不能做的。要是离开了图书馆和试验室，再没有葛利普同他的学生来帮我鉴定化石，绘图员给我绘图，我绝对无法子可以着手。上海的地质研究所，同两广地质调查所都太幼稚，没法子可以利用的。
十一月初，他果然回到了上海，不久他回到北平去，继续他的地质学研究工作。他这个时期很注意中国的“造山运动”的问题。中国地质学会举他做会长，他的“会长论文”就是《中国造山运动》（英文原题是OrogenicMovementsinChina，载在《中国地质学会会志》第八卷）。黄汲清先生说：“此文搜集中国各地所得有关造山运动之事实，而作不偏之讨论。”
民国十八年（1929）一月十九日，我回到北平————这是我民国十五年出国远游以后第一次回到北平。我在任叔永家住了三星期，在在君家住了两星期。我那时在上海住家，这一次北去是因为北平协和医学校改组董事会，举了我做董事，我是赴会去的。最主要的一个私人动机，当然是想看看许多位多年没看见的老朋友。当时我听说梁任公先生病重，我很想能见他一面。不料我一月十九夜九点多钟到北平，任公先生已死了八个钟头了！
一月二十日，任公的遗体在广慧寺大殓。在君、叔永、陈寅恪先生、周诒春先生和我都去送他入殓。看见许多任公先生的老友，如蹇季常先生等，都是两眼噙着眼泪，我也忍不住堕泪了。
二月初，任公的追悼会上，有在君的挽联：
生我者父母，知我者鲍子。
在地为河岳，在天为日星。
这几句最可以写出在君对于任公先生的崇敬和友谊。他和任公从没有政治的关系，完全是友谊的关系。民国八年，任公到欧洲去考察战后情形和巴黎和会情形，在君也在同行的专家顾问团之内。任公很敬重在君，故在君有“知我者鲍子”的话。在君对朋友最热心，任公先生也是他看作应该特别操心照管的一位忘年老朋友。任公病中，他特别调护。世界最新最完备的一个医院竟无法延长这一位平日体格很强，生龙活虎一般的大人物的寿命————中间还引起了医生错误诊断和错误治疗的各种传说————这是在君很伤心的事。任公先生自己始终信任协和医院，始终没有一句埋怨医生或医院的话，这也是在君很佩服他的一点。
在君在北平不久，又得放下他的研究工作，又得往西南作大规模的地质调查了。民国十八年，地质调查所发起作一个调查西南全部地质的大计划，分作几段进行。由在君做总指挥。翁咏霓曾叙述这个西南全部地质调查的大略如下：
起身最早的是赵亚曾、黄汲清二君，越秦岭，经四川西部，又分为二组：赵君由叙州南行入滇，行至云南昭通县，被土匪打死了。黄君由叙永入黔，担任贵州中部及西部的工作。
在君先生偕同曾世英、王曰伦二君由重庆入黔，所经之地，北起桐梓，西抵毕节，东包都匀，南尽桂边。虽有许多牲口驼运行李，但调查人员长途步行，看石绘图，手足并用，一路都用极严格的科学方法，努力工作。
差不多同时起程的，又有谭锡畴、李春昱二君，特别注重川边及西康区域，西抵甘孜、巴安。
在这样大规模工作之中，虽然赵亚曾之死使在君先生在途中非常伤心，但他还是竭尽心力，勇猛前进，做出很好的成绩，也给几位后学的人一种最可效法的模范。
黄汲清也曾叙述这个大规模的西南调查，他记在君的路线特别详细：
民国十八年，先生组织西南地质调查队，由重庆起，同曾世英、王曰伦二先生南行，经松坎、桐梓，至遵义；由遵义西行，经打鼓、新场，至大定。原拟在大定会合赵亚曾、黄汲清二人。突接亚曾遇匪被害耗，先生悲哀不胜。旋同曾王黄三人东行至贵阳，旋又南行，经都匀、独山、荔波，而入广西南丹县境。于是贵州工作与先生民国十七年之广西工作相衔接。继折而北行，经平舟、大塘，返贵阳；由贵阳经遵义、桐梓，返重庆。于十九年（1930）夏返北平。
此次之行为先生平生最大地质旅行，亦为最后的大规模地质旅行。其所得结果对于地质学、矿产、地理学及人种学，无疑的必有很大的贡献。地质方面工作则沿途均绘有精细的地形及地质图，对于地层研究尤一丝不苟，而于泥盆纪、石炭纪、二叠纪，更有精细的、透辟的考查。将来西南各省这三纪地层研究，要以他的结果为基础。
在君在途中写长信给我，叙述赵亚曾之死，他曾痛哭几次。此次原定赵亚曾等从徐州出发，在君听说由四川到云南的路上不太平，曾打电报叫他到重庆同行。亚曾回电说：“西南太平的地方很少，我们工作没开始就改变路程，将来一定要一步不能出门了。所以我决定冒险前进。”不上一个月，他就死在昭通了。
亚曾生于光绪二十四年（1898），他死时止有三十二岁。他的著作已有这许多种：
中国长身贝科化石（《古生物志》乙种第五号第二册及第三册）
中国北部太原系之瓣腮类化石（《古生物志》乙种第九号第三册）
中国石炭纪及二叠纪石燕化石（《古生物志》乙种第十一号第一册）
湖北宜昌兴山秭归巴东等县地质矿产（与谢家荣同著，《湖北地质矿产》专刊第六号）
秦岭山及四川之地质研究（与黄汲清同著，《地质专报》甲种第九号）
在君从西南调查回到北平，是在民国十九年的夏季。那时我在上海已住了三年多，离开了北京已有四年多了。我已接受了中华教育文化基金董事会新创立的编译委员会的主任委员的事，十月里我到北平看定了房子，十一月回上海，准备搬家回北平去住。我从北平回到上海之后，三天之内，连得在君两封信，都是劝我不要多喝酒的！这两封短信最可以表示在君待朋友如何操心爱护，也最可以描写他的风趣，所以我抄在这里：
适之：
博生请吃饭的那一晚上，我就把你的《我的母亲的订婚》读完了。这一篇在你的《文存》里边应该考第一！
尔和真是饭桶！你走了以后，他还给菘生说你描写〔你母亲〕辫子长是暗用“发长垂地”的典故！！
我以后看见莎菲，他给我说你临走几天，天天晚上闹胃痛，很替你担心。第二天看见寄梅，他说在天津给你同住，似乎没有胃病。我事体近来大忙，就没有立刻写信给你。
但是屈指你将要离开上海了，在这两个星期之中，送行的一定很多，惟恐怕你又要喝酒，特地写两句给你，劝你不要拼命！一个人的身体不值得为几口黄汤牺牲了的，尤其不值得拿身体来敷衍人！……千万珍重！
弟文江十九年十一月九日
第二封信说：
适之：
前天的信想不久可以收到了。今晚偶然看《宛陵集》，其中有题云，“樊推官劝予止酒”，特抄寄给你看：
少年好饮酒，饮酒人少过。今既齿发衰，好饮饮不多。
每饮辄呕泄，安得六府和？朝醒头不举，屋室如盘涡。
取乐反得病，卫生理则那！予欲从此止，但畏人讥诃。
樊子亦能劝，苦口无所阿。乃知止为是，不止将如何？
劝你不要“畏人讥诃”，毅然止酒。
江顿首十九年十一月十二日
【附注】博生是陈博生，尔和是汤尔和，菘生是刘崇佑先生，莎菲是任叔永夫人陈衡哲，寄梅是周诒春先生。《宛陵集》是梅尧臣圣俞的诗集。
我是民国十九年（1930）十一... -->>
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