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次就是细菌，这种有名的小有机体，近几十年人人都晓得他是瘟疫的病源，发酵和腐败的原因了。近世细菌学，在很短的期间里，已经占到极重要的地位，和医学之实际、理论两方面的关系尤其重，现在的大学里，都特设讲座去讲他。现在的科学家，仗着那顶好的显微镜，标品法，着色法，把细菌研究的很精密，用细心的实验和培养法，测定其生理的性质，说明其对于有机生命界的重要，他们如此的精到透辟，如此的坚忍不拔，真令人很可赞叹的。细菌在自然界里生活的位置，经济的位置，于是乎代这微细的有机体争得绝大的科学上、实用上的价值。
然而专门细菌学家，到今天还抱一种谬见，和他们所成就的这些赫赫的功绩，正相反背，这真奇怪了。以近世的成来说的眼光去研究细菌之系统关系的生物学家，被那些关于“细菌在植物界的位置（像分裂菌），细菌和别种植物的关系，以及其种类的构成”的那些异乎寻常的见解，闹得发昏，还弄不清楚。要是把一切真细菌所共有的形态学上的性质仔细研究，把他和别种有机体一比较，必然就要承认我多年来各种著作里的论断了： 细菌并非是真（有核）细胞，乃是“摩内拉级”的无核细胞质；也不是真（有组织）菌类，乃是简单的原生物，他的近亲就是“克罗马塞亚”。细菌学家叫作“细菌细胞”的最简单的有机个体，并非是真正有核细胞。直到今天费了许多极精细的实验，要从细菌的原形质里寻出个核，其结果就是这样明明白白的“适得其反”。
大多数的细菌和“克罗马塞亚”的形态上区别是异常的微细，叫我们只能从其新陈代谢上去分别这两种“摩内拉”。“克罗马塞亚”是原生植物，制造原形质的。其从简单的无机化合物（水、炭酸、阿摩尼亚、硝酸等）以“合成”和“还原”两个作用造成新原形质。细菌是原生动物，食原形质的。细菌大概都不能造新原形质，只能从别的有机体上吸取（像那些寄生虫和尸体寄生物），用分析和酸化两个作用去分解原形质。所以无色的细菌，并不像“克罗马塞亚”有那炭化作用的利器，那绿色、青色、赤色的色素。但是也有些例外的，“巴奇尔斯维林斯”（Bacillus virens）是含叶绿素染成绿色的，“密克罗珂加斯卜罗抵吉阿萨斯”（Micrococcus prodigiosus）是血赤色的，还有别种是紫色的。土里的“硝酸细菌”却有植物性的制造原形质力，他从大气中炭酸气里吸取炭素，以酸化作用把“阿摩尼亚”改制成次硝酸、硝酸。他照这样所以能无须要有机物，只吃简单的无机物，和“克罗马塞亚”一般。
因此，所以造原形质的“克罗马塞亚”和食原形质的细菌是极其相近的，要把二者之间划一个明确的界限，是做不到的。于是乎许多植物学家，把这两种包括在“裂生植物”（Schizophyta）一个名称之下，从这里面再把那青绿色的“克罗马塞亚”分为“裂生藻类”（Schizophyce），把无色的细菌分为“裂生菌类”（Schizomycetes）。然而这个区别也不可认得太严，论那绝对的无核无组织，“克罗马塞亚”之别于多细胞有组织的藻类，犹之乎细菌之别于菌类。这“裂生植物”四个字里表示的那“细胞的分裂增殖”，也是许多别种原生动物里所同有的现象。
细菌的外形虽是极其简单，许多生物学家就他的形状把他分为几百种，甚至于分为一千多种。但是我们专从他的外形看来，只能把他分作三大根本的形式： （一） 球状细菌（micrococci或spherobacteria）是球形，或是椭圆形的；（二） 杆状细菌（bacilli或rhabdo-bacteria,又叫作eubacteria）是杆状的，圆筒状的，也往往有蠕虫状的（就是comma-bacilli）；（三） 螺旋细菌（spirilla或spiro-bacteria）是螺旋形杆状的（螺旋少的时候作震动形，多的时候作涡卷状）。细胞质的形状里，除这三大区别之外，我们又可以其一端或是两端伸出来的很薄的鞭毛（flagella）定那许多杆状细菌和螺旋细菌的种类。这种鞭毛是供那些“游泳细菌”在水里行动的，但也只是有时许多种有这鞭毛，其余的许多种却全然没有。
根据细菌细胞质的简单的外形，和其单调的内部组织，既都不能把细菌的许多种类作个系统的区分，所以一般只得根据他对于蛋白质、亚胶等有机食物的种种作用，他的化学作用，他在活有机体里所生的“下毒”“分解”作用等生理的性质去分别他了。细菌的一切生活活动都是个化学作用，这是细菌学家所公认的，并且因为这个缘故，这种微生物是极其重要。我们只要记着各种细菌和人体组织有怎样错杂的关系————使人害伤寒、神经系知觉过敏、霍乱、结核症等病————就不能不承认这些病症的真原因一定要求之于细菌原形质的特殊分子构造，就是其分子和那散散的凑成特别分子群的无数（约一千以上）原子之特殊的排列了。细菌相互作用之化学的产物就是所谓“陀梅因”（ptomaines），这里面有许多是很毒的。这些种毒质里，有几种我们能用人工培养法取得很多的，并且把他游离开来，用实验法考验他的性质，像那破伤风症的破伤风菌和伤寒症的伤寒菌。
照这样说细菌的作用是个纯化学的，是和无机毒物相类似的，我要特别提一句话，就是这个极正确的学说也纯然是个臆说。我们离了臆说，无论什么重要的自然现象都不能说明，这件事就是个极好的证例。原形质的化学上分子构造，我们无论用怎样好的显微镜，一些也看不出，这个和“显微镜的视界”离得远哩。然而却没有一位明达的科学家，对于他的存在，和“这些有感觉的原子之复杂的运动和他所构成的分子，分子群，是那许多小有机体（细菌）在人类以及高等动物身体的组织里所诱起的绝大变化之真原因”，有一点疑念。
还有一层，细菌许多种类的区别，关联着一个种类之性质和持续的一般问题，兴味是很深的。从前生物学上的分类，只是就其形态上的特征或是就外面形状，或是就内部的构造去分的，以为这些区别在分类上是极其要紧的，现在因为这些特征往往是不明了，或者竟全然没有，我们就大都只论其生理上的性质了，这些生理上的性质，是由于其假说上的分子构造里的化学上的差异。然而就连这些性质也不是永久不变的，许多种细菌，在变更了的食料状态之下，培养得长久了，就失却他的种类上特性。把培养着有毒细菌的滋养地里，温度变更了，滋养料改换了，或是加上某种化学作用，不但其生长繁殖有了变更，就连他对于别种有机体的毒力都变了。这个毒力减弱了，尤其要紧的就是这个“减弱”由“遗传”传到后代去。那习见的“接种”现象就是由此而起，这“接种”就是后天性质遗传的个绝好的证例。
许多细菌，也像他的近亲“克罗马塞亚”一般，有个组成细胞群的显著倾向。这许多细胞群是起于那“分裂繁殖极快的个体总连在一起”。这有两种样子的。群居细胞分泌出多量的胶质，并且分布在这里面，就成为“细菌块”［像克罗马塞亚里的“亚发罗加卜萨”（aphanocapsa）和“葛理阿加卜萨”（glocapsa）］。如果那长形的杆状细菌结成长条子，就是“理卜陀特力克斯”（leptothrix）和“贝吉亚陀亚”（beggiatoa）的有节的丝（这个可以和摇曳藻比较）。这些丝状体生出分枝来就是“克拉多特力克斯”（cladothrix）。别的细菌团体，呈平圆形，其细胞质分为平面，大抵都分四群［像“美利斯摩丕的亚”（merismopedia）］，或是像“萨西拉”（sarcina）样，分为三方面的时候，就成为管状的捆子。
（根足摩内拉）我在1886年描述的，以及我的论文里的“摩内拉学说”所根据的这个“摩内拉”，是属于一种异于细菌和“克罗马塞亚”的原生物。我把他们叫作“卜罗他米巴”（protamba）、“卜罗陀金”（protogenes）、“卜罗陀密克萨”（protomyxa）。他的裸原形质体，好似有核的真根足类一般，伸出“伪足”来，所差的就是没有核。后来我在我著的《系统发生学》里，要把这些无核的根足类分开，把那“阿米巴”状的，伸出脚来的摩内拉叫作“原始摩内拉”（lobomonera）,那些真根足的摩内拉就叫作“根足摩内拉”（rhizmonera）。然而这两种大摩内拉里，近年都寻出真的核来了，证明他们都是真细胞了。这个发明是由于近世进步的染核法，这种法子我30年前还没得用。许多科学家，因为这些最近的发明助了他们的势，就主张我所说的摩内拉都是真细胞，都一定有核。许多反对“进化论”的人，都喜欢引用这个无根据的主张，好去否认“摩内拉”的存在。
摩内拉里的“卜罗他米巴”类，我在《自然创造史》第十版里已经载了个图，这图常常被翻印。这一类的“摩内拉”现存的至少还有两三种，由他的伪足形状和运动法可以把他一种一种的区别开来。他是很像寻常的简单的阿米巴，所不同的就是没有核。这种“原始的卜罗他米巴”（Protamba primitiva）散布像是很广的，葛鲁贝尔（Gruber）、秦高斯奇（Cienkowski）、莱狄（Leidy）等观察家屡次在内陆的水里见着他。我在耶拿大学讲习40年动物学，这中间把清水里的下等生物都如法用显微镜检验，遇见这原始的卜罗他米巴倒有四五次之多。他总是同一个式样，和我所说的一般，以其表面伸出的伪足运动，以简单的分裂法繁殖，随你怎样仔细用近世染核法去试验，他那同种类的原形质体总不见有核的影子。有几多极细的粒子乱散在原形质里，放下“试核药”，多少也着点色，这不能算是核，大约是新陈代谢作用的产物。葛鲁贝尔近来叫作“贝罗密克萨巴力打”（Pelomyxa pallida）的海产大根足阿米巴也是这样的。
赫胥黎1868年命名为“赫凯尔氏巴提必又斯”（Bathybius hckelii）的海产大根足阿米巴，关于他的真性质，学者发表了许多种意见，然而据最近的研究，这些意见似乎都靠不住。然而这个议论纷纭的“巴提必又斯”问题，对于我们的“摩内拉说”和那相连的“自然发生假说”（第十五章），已经是成了赘语，因为现在我们关于那更重要的“克罗马塞亚”和细菌之“摩内拉”形式，已经有更明确的知识了。
（疑问的摩内拉）我的《摩内拉论》里说的几种原生物，其原形质体里是否有核，该算做真细胞还是该算做细胞质，现在还是很可疑的。尤其是那偶然一现的种类，像那“卜罗陀密克萨”和“密克萨斯特腊姆”（myxastrum）。这些暧昧不明的种类，我们只有俟之新研究和近世的染核法。然而我有句话要声明，就是这些著名的染核法，并不能如大家所说的那样绝对的确实，有些别种的物质和染色质一样的受染。我的摩内拉理论只是在说这些无核活原形质细粒的重要，至于那些疑似的“摩内拉”里寻得出个核也好，寻不出也好，都没甚大关系。我所引申出来的理论，单是“克罗马塞亚”———— “摩内拉”中之最重要的————就足够做根据了。
把“摩内拉”说得要完了，我还要把我们从其简单的组织上所引申来的几条重要理论，概括的再述一番。“摩内拉”可以做我们一元生物学上主要题目之坚实的基础，他和近世活力说者之二元的意见是不相容的。第一层，我要郑重声明的就是： 简单的“摩内拉”之无组织的原形质体里，绝没有什么组织，也没有“为一定生活目的结合到一起的相异的器官”。莱因克的什么“有意识的支配”，魏兹曼的什么“机械的决定”，在这里都用不着。最简单的“摩内拉”之全部生活的活动，是只限于他的新陈代谢作用，“克罗马塞亚”尤其是这样的，这新陈代谢纯然是个化学作用，和无机化合物的接触作用差不多的。这种原生物之简单的“个体构成”全是由于原形质小球到了一定的大小就要分裂（像克罗阿珂加斯），其原始的繁殖，不过还是个继续的生长，和结晶的生长一般。这种简单的生长，超过了化学上构造所定的限度，那多余出来的就长成新个体了。
1参见本书第19页注。